El templo y monasterio datan de mediados del siglo XVI cuando los Dominicos llegaron a los valles oaxaqueños con el propósito de evangelizar a los pueblos originarios del lugar.
El templo y monasterio nunca se terminaron de construir por muchas razones: conflicto con los lugareños, con la familia Cortés ( y ésta a su vez con la Corona de España ); conflicto en el propio seno de la Orden y falta de recursos por la monumentalidad de la obra.
Hacia finales del siglo XVII todo el complejo ya era una ruina y poco tiempo después fue abandonado a su suerte. Durante el siglo XIX ha pasado por diversas situaciones: escuela, cuartel, cárcel. Allí fue fusilado Vicente Guerrero - 2° presidente de México - en 1831.
Ya bien entrado el siglo XX todo el complejo fue declarado Monumento Nacional de México y se realizó una restauración que finalizó en 1960.
Hoy día parte del Monasterio se utiliza como oficinas, laboratorio y catalogación antropológica por el Instituto Nacional de Antropología e Historia.
http://www.viveoaxaca.org/2011/05/ex-convento-de-cuilapan-de-guerrero.html